En 1983, el padre José Ramón de la Villa, cura párroco de Pilar, sintió la necesidad de abrir una escuela para la comunidad pilarense, utilizando así el edificio ubicado en la esquina de Hipólito Yrigoyen y Belgrano, propiedad del Obispado de Zárate-Campana. En marzo de 1984 comenzó a funcionar el primer año de nivel secundario con bachillerato común. El padre José Ramón le ofreció a la profesora Susana Morales la dirección del nivel secundario, intermediando la profesora Mirta Varella, entonces directora del nivel primario del Instituto Verbo Divino. El antiguo colegio de la Congregación Madres del Divino Pastor dejó de funcionar en este edificio unos años antes, y luego lo usó Caritas Pilar, siendo también la casa de las Hermanas Ursulinas. En febrero de 1984, comenzaron a limpiar el ala de Hipólito Yrigoyen, se acondicionaron las aulas divididas con portones de madera. Contaba con una oficina de administración y dirección, una biblioteca y una sola aula. En sus inicios y hasta el año 2000 el nivel secundario se llamó Maristas del Pilar porque el padre José Ramón tomó el ex seminario que cerraba sus puertas. En 1986 se incorporó el nivel primario, ya con el nombre de Instituto Nuestra Señora del Pilar. En todo este tiempo, Villa equipó y armó el colegio, mientras que los hermanos maristas donaron a la escuela la mayoría de sus bienes. Con el tiempo el padre José Ramón fue restaurando todo, dejó la parte antigua para que el Municipio le permitiera construir el nuevo sector del edificio, ya que se debía respetar la parte colonial; su fachada es considerada monumento histórico de Pilar. La primaria inicia con dos divisiones de primer grado, turno tarde únicamente. 1° grado Azul a cargo de la docente Inés Gamen, también directora; y 1° grado Blanco a cargo de la docente Silvana Buscemi. Fue un año muy difícil porque se debían juntar fondos para la remodelación de la escuela ya que el primer edificio constaba con lo que es la actual planta baja, hasta que comienza a construirse el primer patio cubierto y sala de profesores, para posteriormente edificar los otros pisos. Al año siguiente se incrementó la matrícula con dos segundos y así sucesivamente año tras año. Los padres de los alumnos de primer grado todos los fines de semana trabajaban junto a los docentes en festivales, kermés, étcetera, para juntar fondos para la escuela, y poder ayudar al Padre en tan ardua tarea. En 1991 se inició informática, solamente cursos secundarios a cargo del profesor Roberto Sacchi. En 1992 se comenzó en séptimo, y también por este mismo año, se creó el departamento de inglés, cuya primera coordinadora fue María del Carmen Maggio. En 1998 con el ingreso de Silvina Diez el proyecto de inglés cambió, elevando el nivel de oralidad y estudio del idioma, para ello los alumnos debían prepararse para dar a fin de año un examen frente a profesores de la Cultural Inglesa de Buenos Aires . Continuando con informática, en el año 1993 se implementó tercero, cuarto, quinto y sexto grado a cargo del profesor Gabriel Di Giugno, siendo a partir de 1995 el coordinador del área. Este mismo año empezó portugués en el instituto. Y al año siguiente, en 1999, con el funcionamiento del polimodal, se ofrecieron dos modalidades: Economía y Gestión de las Organizaciones; y Arte, Diseño y Comunicación. Se instalaron televisores en las salas de informática utilizados para dar clase. El departamento de informática atendió y atiende las necesidades de las computadoras de todas las oficinas de la escuela: Dirección, secretarías, administración, catequesis e idiomas. La enseñanza de informática es superior a otros colegios porque enseña más de lo que el ministerio exige. Finalmente en 2004 la primera promoción de alumnos se recibieron con 6 años de portugués. El Instituto Nuestra Señora del Pilar se fundó gracias a la valiosa ayuda e iniciativa del párroco José Ramón de la Villa quien pretendía conducir a los alumnos por el camino de la libertad y el ejercicio de la responsabilidad, el camino que nos marcó Jesús. Este instituto fue, es y será un lugar para la formación integral de todos aquellos que lo elijan para formarse como personas y verdaderos cristianos.